Bộ Y tế báo cáo trực tiếp với Quốc vụ viện, thực hiện chức năng quản lý nhà nước về chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân, bao gồm các lĩnh vực:[6]

1. Soạn thảo các luật, quy định, kế hoạch và chính sách liên quan đến y tế công cộng;
2. Xây dựng các chính sách về chăm sóc thai sản và các chương trình chăm sóc trẻ em;
3. Giám sát việc phòng bệnh và điều trị;
4. Kiểm soát sự lây lan của dịch bệnh;
5. Giám sát việc thu thập máu;
6. Cải cách các cơ sở y tế;
7. Giám sát các bệnh viện nhà nước;
8. Lập các dự án phát triển khoa học và công nghệ y học;
9. Thiết lập các tiêu chuẩn chất lượng cho thực phẩm và mỹ phẩm;
10. Giám sát giáo dục y tế và thiết lập các tiêu chuẩn liên quan;
11. Quản lý Trường Cao đẳng Y tế Bắc Kinh và Học viện Khoa học Y khoa Trung Quốc;
12. Giám sát Cục Quản lý Nhà nước về Y học Cổ truyền Trung Quốc.